הספר "תלמוד שנוי במחלוקת" עוסק בשאלות מרכזיות העומדות בלבו של הקיום האנושי בכלל והקיום היהודי בפרט: המתח בין אוטונומיה לציות לסמכות; היחס בין הגוף לנפש; בין הרוח ליצר; המתח בין הרב-גוניות והלכידות, המחלוקת והאחדות; היחס שבין הפרשנות והטקסט ועוד. כל אחת מהשאלות מוצגת באמצעות קריאה של סוגיה תלמודית המופיעה בצורה כמעט זהה בשני התלמודים: הבבלי והירושלמי.

אולם חידושו של הספר אינו מסתכם בסוגיה כזו או אחרת שבה הוא עוסק, אלא בניסיון שלו להראות כיצד ניתן לקרוא את התלמוד, גם בסוגיות המורכבות וההלכתיות שלו, ולתרגם את הדיונים הפנימיים האמורים בהם לכדי רעיונות משמעותיים אשר בכוחם לתרום לאדם באשר הוא אדם, ולהוות בשורה לחיי הקהילה והחברה בכלל ובישראל בפרט.