בית ספר מעיינות נולד כיוזמה של הורים בצור הדסה שביקשו להקים ביישוב בית-ספר משלב (חילונים ודתיים) הפועל ברוח פדגוגית אחרת, ששמה דגש על התנסות, חוויה, יצירתיות וקיימות.
בית הספר פועל באופן זמני במושב בר גיורא, עד להשלמת בניית מבנה הקבע בצור הדסה. בבית הספר שלוש כיתות בשכבה. בשנת תשפ”ב המחזור הבוגר עלה לכיתה ד’.